造成这样的原因一般是sql操作的时间过长，或者是传送的数据太大(例如使用insert ... values的语句过长， 这种情况可以通过修改max_allowed_packed的配置参数来避免，也可以在程序中将数据分批插入)。

产生这个问题的原因有很多，总结下网上的分析：

原因一. MySQL 服务宕了

判断是否属于这个原因的方法很简单，进入mysql控制台，查看mysql的运行时长

mysql> show global status like 'uptime';
+---------------+---------+
| Variable_name | Value   |
+---------------+---------+
| Uptime        | 3414707 |
+---------------+---------+

1 row in set或者查看MySQL的报错日志，看看有没有重启的信息

如果uptime数值很大，表明mysql服务运行了很久了。说明最近服务没有重启过。
如果日志没有相关信息，也表名mysql服务最近没有重启过，可以继续检查下面几项内容。

原因二. mysql连接超时

即某个mysql长连接很久没有新的请求发起，达到了server端的timeout，被server强行关闭。
此后再通过这个connection发起查询的时候，就会报错server has gone away
（大部分PHP脚本就是属于此类）

mysql> show global variables like '%timeout';
+----------------------------+----------+
| Variable_name              | Value    |
+----------------------------+----------+
| connect_timeout            | 10       |
| delayed_insert_timeout     | 300      |
| innodb_lock_wait_timeout   | 50       |
| innodb_rollback_on_timeout | OFF      |
| interactive_timeout        | 28800    |
| lock_wait_timeout          | 31536000 |
| net_read_timeout           | 30       |
| net_write_timeout          | 60       |
| slave_net_timeout          | 3600     |
| wait_timeout               | 28800    |
+----------------------------+----------+
10 rows in set

wait_timeout 是28800秒，即mysql链接在无操作28800秒后被自动关闭

原因三. mysql请求链接进程被主动kill

这种情况和原因二相似，只是一个是人为一个是MYSQL自己的动作

mysql> show global status like 'com_kill';
+---------------+-------+
| Variable_name | Value |
+---------------+-------+
| Com_kill      | 21    |
+---------------+-------+
1 row in set原因四. Your SQL statement was too large.

当查询的结果集超过 max_allowed_packet 也会出现这样的报错。定位方法是打出相关报错的语句。

用select * into outfile 的方式导出到文件，查看文件大小是否超过 max_allowed_packet ，如果超过则需要调整参数，或者优化语句。

mysql> show global variables like 'max_allowed_packet';
+--------------------+---------+
| Variable_name      | Value   |
+--------------------+---------+
| max_allowed_packet | 1048576 |
+--------------------+---------+
1 row in set (0.00 sec)

修改参数：

mysql> set global max_allowed_packet=1024*1024*16;
mysql> show global variables like 'max_allowed_packet';
+--------------------+----------+
| Variable_name      | Value    |
+--------------------+----------+
| max_allowed_packet | 16777216 |
+--------------------+----------+
1 row in set (0.00 sec)

以下是补充：

应用程序（比如PHP）长时间的执行批量的MYSQL语句。执行一个SQL，但SQL语句过大或者语句中含有BLOB或者longblob字段。比如，图片数据的处理。都容易引起MySQL server has gone away。 

今天遇到类似的情景，MySQL只是冷冷的说：MySQL server has gone away。 

大概浏览了一下，主要可能是因为以下几种原因： 
一种可能是发送的SQL语句太长，以致超过了max_allowed_packet的大小，如果是这种原因，你只要修改my.cnf，加大max_allowed_packet的值即可。 

还有一种可能是因为某些原因导致超时，比如说程序中获取数据库连接时采用了Singleton的做法，虽然多次连接数据库，但其实使用的都是同一个连接，而且程序中某两次操作数据库的间隔时间超过了wait_timeout（SHOW STATUS能看到此设置），那么就可能出现问题。最简单的处理方式就是把wait_timeout改大，当然你也可以在程序里时不时顺手mysql_ping()一下，这样MySQL就知道它不是一个人在战斗。 

解决MySQL server has gone away 

1、应用程序（比如PHP）长时间的执行批量的MYSQL语句。最常见的就是采集或者新旧数据转化。 
解决方案： 
在my.cnf文件中添加或者修改以下两个变量： 
wait_timeout=2880000 
interactive_timeout = 2880000 
关于两个变量的具体说明可以google或者看官方手册。如果不能修改my.cnf，则可以在连接数据库的时候设置CLIENT_INTERACTIVE，比如： 
sql = "set interactive_timeout=24*3600"; 
mysql_real_query(...) 


2、执行一个SQL，但SQL语句过大或者语句中含有BLOB或者longblob字段。比如，图片数据的处理 
解决方案： 
在my.cnf文件中添加或者修改以下变量： 
max_allowed_packet = 10M(也可以设置自己需要的大小) 
max_allowed_packet 参数的作用是，用来控制其通信缓冲区的最大长度。 


最近做网站有一个站要用到WEB网页采集器功能，当一个PHP脚本在请求URL的时候，可能这个被请求的网页非常慢慢，超过了mysql的 wait-timeout时间，然后当网页内容被抓回来后，准备插入到MySQL的时候，发现MySQL的连接超时关闭了，于是就出现了“MySQL server has gone away”这样的错误提示，解决这个问题，我的经验有以下两点，或许对大家有用处： 
第 一种方法： 
当然是增加你的 wait-timeout值，这个参数是在my.cnf(在Windows下台下面是my.ini）中设置，我的数据库负荷稍微大一点，所以，我设置的值 为10，（这个值的单位是秒，意思是当一个数据库连接在10秒钟内没有任何操作的话，就会强行关闭，我使用的不是永久链接 （mysql_pconnect),用的是mysql_connect,关于这个wait-timeout的效果你可以在MySQL的进程列表中看到 （show processlist) ），你可以把这个wait-timeout设置成更大，比如300秒，呵呵，一般来讲300秒足够用了，其实你也可以不用设置，MySQL默认是8个小 时。情况由你的服务器和站点来定。 
第二种方法： 
这也是我个人认为最好的方法，即检查 MySQL的链接状态，使其重新链接。 
可能大家都知道有mysql_ping这么一个函数，在很多资料中都说这个mysql_ping的 API会检查数据库是否链接，如果是断开的话会尝试重新连接，但在我的测试过程中发现事实并不是这样子的，是有条件的，必须要通过 mysql_options这个C API传递相关参数，让MYSQL有断开自动链接的选项（MySQL默认为不自动连接），但我测试中发现PHP的MySQL的API中并不带这个函数，你重新编辑MySQL吧，呵呵。但mysql_ping这个函数还是终于能用得上的，只是要在其中有一个小小的操作技巧： 
这是我的的数据库操 作类中间的一个函数